Het Bestuur van FC Zoetermeer bestaat momenteel uit vier bestuursleden, t.w. Jacob de Boer (voorzitter). Frank Krooder, (voorzitter), Johan Huurman (bestuurslid algemene zaken) en Edwin van Vliet (secretaris). 
Jacob de Boer bekleedt naast het voorzitterschap ook de functie van penningmeester (a.i.).